1998年5月，江泽民同志在北京大学百年校庆大会上提出“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”，教育部自1999年起分别与部分省、市地方政府签订合作协议，分批将34所国内知名高校列入国家跨世纪重点建设的高水平大学名单，由国家、地方以及相关部委共同出资建设。列入“985工程”院校的名单如下:
一期名单：（34所）
清华大学
北京大学
中国科技大学
南京大学
复旦大学
上海交通大学
西安交通大学
浙江大学
哈尔滨工业大学
南开大学
天津大学
东南大学
华中科技大学
武汉大学
厦门大学
山东大学
湖南大学
中国海洋大学
中南大学
吉林大学
北京理工大学
大连理工大学
北京航空航天大学
重庆大学
电子科技大学
四川大学
华南理工大学
中山大学
兰州大学
东北大学
西北工业大学
同济大学
北京师范大学
中国人民大学
二期名单：（4所）
中国农业大学
国防科技大学
中央民族大学
西北农林科技大学
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