2007年3月，在深圳市第四届人民代表大会第三次会议上，《政府工作报告》中决定筹建南方科技大学。
2007年6月，深圳市政府首次向广东省提交筹建南方科技大学申请。
2008年3月至12月，深圳市有关部门同意南方科技大学校区建设工程计划立项，明确校区选址区域和用地面积，并通过了环境保护评估。
2009年3月，南方科技大学校长遴选委员会召开会议，朱清时院士以全票当选拟任校长第一候选人。
2010年2月25日，深圳市机构编制委员会下发文件明确南方科技大学(筹)为深圳市政府的直属事业单位，经费形式为市财政核拨。
2011年1月，教育部正式发文，批准南科大筹建。
2011年3月1日，南方科技大学首批45名新生入学。
2011年3月21日上午10时，香港大学顶尖物理学家唐叔贤准时踏上讲台，为首批教改实验班的45位学生讲授“南科大第一课”：应用物理。自此，备受关注的南科大正式迈开了教改的步伐。
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