学校为在学硕士研究生提供四类奖助学金。一等奖助学金：提供全额学费和普通奖学金、学业优秀奖学金；二等奖助学金：提供全额学费和普通奖学金；三等奖助学金：提供半额学费和普通奖学金；四等奖助学金：提供普通奖学金。该校录取的全部硕士生都可获得奖助学金资助。
上海交大对硕士生奖助学金资助体系实行动态评定管理方式，根据入学成绩和学业情况评定硕士生获取奖助学金的等级。硕士生第一年享受的奖学金等级按照其入学考试成绩评定，不设一等奖，二等、三等奖学金比例约占70%~80%；四等奖学金比例约占20%~30%。硕士生第二年起享受的奖学金等级按照其在校学习成绩评定，一等、二等奖学金比例约占85%；三等、四等奖学金比例约占15%。同时，硕士生还可以申请获得由学校和导师提供的各种“三助”岗位资助，以及国家助学贷款等。
与此同时，上海交大今年新进校的博士生实行学费全免。博士生的培养费用由国家、学校、导师经费三方面资助。学校考虑到人文、社科、基础理科领域的导师科研经费较少，所以将免去这部分导师分担博士生培养费用的任务，由学校承担。
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