1978 年我校开始招收眼科学、儿科学、内科学（呼吸）等三个专业硕士研究生， 1981 年成为国务院首批批准的硕士学位授予单位。 1998 年获批准招收外国留学生和港澳台学生， 2000 年获批准开展同等学力人员在职申请硕士学位工作，同年还成为临床医学硕士专业学位试点单位， 2001 年经国务院学位办批准与美国新英格兰视光学院联合培养博士研究生。 2002 年获批准招收七年制学生。 2003 年获批准为与浙江大学联合培养博士。 2006 年被批准为博士学位授予单位。 2008 年增列为生物医学工程硕士培养单位。
学校现有 3 个博士点， 2 个一级学科硕士点， 28 个二级学科硕士点， 1 个工程硕士领域， 1 个七年制专业。目前全日制在校博士、硕士研究生达 1500 多人。温州医学院现已成为浙江省医学人才培养的主要基地。
目前，学校已有省部共建国家重点实验室培育基地、现代眼视光技术和装备教育部工程研究中心、国家卫生部视光学研究中心等 6 个国家级、部级研究中心或基地，省部级重点实验室 6 个。国家药品临床研究基地和国家新药开发工程技术研究中心制剂工程研究基地均设在我校。我校附属第一医院人类 辅助生殖技术中心是国家卫生部首批批准的五个人类辅助生殖技术中心之一。学校现拥有 4 个浙江省重中之重学科、 7 个浙江省高 校重点学科及 1 个省医学重点学科群、 10 个浙江省医学重点学科和 5 个省医学重点扶植学科、 12 个省中医药重点学科和省中医药重点专科、省示范中医科， 2007 年眼视光学学科在浙江省首批重中之重学科考核中成绩优秀。 2008 年，临床检验诊断学、药理学及生化药学、外科学 3 个学科被增列为浙江省第二批重中之重学科，使我校浙江省重中之重学科增至 4 个，标志着我 校学科建设实现了跨越式的发展。
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