基础医学部前身是杭州医学高等专科学校基础部，始建于1987年，是我校基础医学教育和研究的重要基地，也是医学基础理论研究的中心。基础医学部设有人体解剖学、组织胚胎学、免疫学与病原生物学、生理学、生物化学、病理生理学、病理学、药理学、物理学、医用化学等10个教研室，1个基础医学实验中心（校级重点实验室），1个硕士点（人体解剖学和组织胚胎学）和1个校级重点学科（人体解剖学与组织胚胎学）。
师资队伍基础医学部现有教职工73人，51名专职教师中具有副高以上职称者占70.6﹪，其中有教授6人、副教授30人；具有硕士以上学位者占62.7﹪，其中博士学位获得者9人、硕士学位获得者23人（另有在读博士研究生4人，在读硕士研究生1人）。教师中有省“151”人才（第三层次）2人，市“131”人才（一、二、三层次）8人，校中青年学科带头人3人，校中青年骨干教师3人。先后有一批教师获省、市级“现代教育技能比赛优胜奖”、“先进教师”、“优秀共产党员”，校级“教学十佳”、“师德标兵”、“学生最喜爱的教师”和“教坛新秀”等荣誉称号。基础医学部还聘请了4位浙江大学基础医学院的知名教授、博士生导师为双聘教授。
课程建设
近年来，基础医学部以主要课程建设为基础，以精品课程建设为导向，将课程建设与学科建设相结合，教学与科研相结合，创建了一批基础医学精品课程，提高了本科教学质量。现有省级精品课程3门（人体解剖学、生理学和药理学），校级精品课程8门（人体解剖学、组织胚胎学、生理学、医学微生物学、病理解剖学、药理学、医学免疫学和病理生理学）。
科学研究
近五年来，基础医学部教师作为主要成员承担了国家自然科学基金项目9项；主持省自然科学基金和科技厅重点项目10项，各类人才基金项目6项，以上项目既有医学科学前沿的基础研究，又有与国家、省市医学社会发展密切相关的应用基础和应用研究，研究结果推动了基础医学学科的发展，也为省市医学社会发展作出了应有的贡献。在国内外公开发表论文近350余篇（被国际索引SCI、EI收录30余篇）；获市厅级以上科技成果奖4项；主编、副主编教材和专著36部。
实验室建设
基础医学实验教学中心是校级重点实验室，目前有31个教学实验室，仪器设备总值800多万元，实验室面积8200多平方米，主要分布在第六和第八实验楼。实验中心拥有专职实验技术人员13人，具有高级实验师职称4人，实验师8人。其中500平方米的人体解剖学陈列室，展出人体标本1600余件，是我校和下沙高校医学基础普及教育的重要基地，也是我校对外交流、参观的一个窗口。基础医学部一直注重培养学生的动手能力，发挥学生的自主性、创造性，已有7个学科开设了设计性实验和开放实验（实验室开放项目10余项，直接参与学生200余人）。
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