流域水环境研究所，简称“水环境所”。 该所主要研究领域为不同尺度流域和区域的水环境及农业水利问题。人员规模30余人，主要由博士、硕士及高级职称人员组成。目前，博士人数已占70%。
水环境所主要研究方向为：
（1）流域水环境演变
全球气候变化下长江流域水环境演变问题；流域尺度的氮磷循环规律。
（2） 流域水环境规划与管理
水资源保护管理机制体制相关研究，新形势下流域水环境管理理论、制度和法律法规等。
（3） 流域水环境数值模拟技术
江湖水系联通的环境效应数值模拟技术，典型自然背景条件下的河流及湖泊纳污能力计算方法，流域水功能区水环境模拟技术。
（4） 流域水环境治理及生态修复技术
流域角度的面源污染综合防控工程技术，大面积受污水体的快速处理技术和生态修复技术。
（5） 流域水电开发与生态环境影响评价理论和方法
不同时空尺度水利工程对生态环境影响的方式、程度及其变化规律。
（6） 南方农作物用水、耗水和节水技术
南方农业中面源污染机理、节水灌溉技术、农作物耗水机理及节水技术、非常规水资源利用技术。
已开展的研究：（1）以长江流域农村水电站（群）为研究对象，开展农村水电生态环境影响评价及保护对策研究，构建生态环境效应评价指标体系与评价准则，提出环保设计技术与方法，研究生态环境补偿措施。
（2) 开展以微藻为指示生物的水环境综合毒性监测技术和评价方向研究，开发新的水环境污染在线预警、预测系统。
（3）开展水功能区纳污能力计算方法和模拟技术研究，以及水功能区评价指标体系研究。
（4）开展大型水利工程建设对生态完整性的影响研究。
（5）开展流域尺度的河流底栖动物生态学和环境流研究，研究大型河流底栖动物群落特征及其与环境的关系，以鱼类、底栖动物和河岸带植物为指示生物，用改进的溪内流量递增法（IFIM）结合总体法研究环境流。
（6）开展利用微电流原理抑制和消除水华的技术方法研究，开发和研究受污土壤和底泥的微波修复技术。
（7）开展地表水环境三维数值模拟，流域非点源污染模拟，农业面源污染机理及其控制研究。
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