建所五十余年来，自然科学史研究所共编辑、撰写和出版学术专著及相关文集300余部，发表学术论文7000余篇，曾获得近20余项国家和中国科学院自然科学奖，多项部委科技成果奖以及中国图书奖。研究所在中国数学史、天文学史方面的研究有数十年的历史，在国际科技史界享有巨大声誉。近年来，研究所积极组织力量和资源，推动在西方科学技术史、中外科学技术交流与比较以及科技政策方面的研究。
自然科学史研究所在科学技术史（理科一级学科，二级学科，科学史、技术史、医学史与生命科学史、科学技术与社会、科技考古）和科学技术哲学（哲学二级学科）均设有硕士学位和博士学位授予点，所内外共有近20余位博士生导师参与招生，每年招收博、硕士研究生各十名左右。在科学技术史方面，现设有科学史、技术史、医学史与生命科学史、科学技术与社会、科技考古五个二级学科；诸二级学科下还设有中国古代科学技术史、中国近现代科学技术史、西方科技史和科技战略等研究方向。在科学技术哲学方面，设有科学哲学、科学文化现象研究、科学技术与社会、科学体制化研究等研究方向。
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中国科学院自然科学史研究所2012年硕士学位研究生招生信息
| 考试科目 | 参考书名 | 出版社 | 编 者 |
| 科学技术史 | 《科学技术史》
《简明中国科学技术史话》 |
求实出版社
中国青年出版社 |
刘珺珺等译
陈美东等 |
| 科技史写作 | 《科学技术史》
《简明中国科学技术史话》 |
求实出版社
中国青年出版社 |
刘珺珺等译
陈美东等 |
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