南京大学的前身中央大学和金陵大学，都是中国最早进行研究生教育的大学。新中国成立以后，南京大学于1954年恢复研究生招生，直至1965年，全校共招收276名研究生。1978年，南京大学又一次成为全国首批恢复招收研究生的高校之一；1984年，南京大学和21所兄弟院校被列为首批试办研究生院的单位。南京大学研究生院的建立，标志着南京大学的发展进入了一个新的阶段。在1995年初由国务院学位委员会办公室和国家教育委员会对全国33所研究生院综合评估中，南京大学名列前茅，被批准正式成立南京大学研究生院。随着南京大学首批进入“211工程”和“985工程”建设以及国家重点建设的高水平大学的行列，南京大学研究生教育进入了一个崭新的发展时期。到2007年6月底，已授博士学位4205名、硕士学位18469名。目前在校研究生11030名，其中博士生3656名，硕士生7374名。2003年12月由教育部批准设立的南京大学苏州研究生院目前已有专业学位研究生600名。
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