火——科研、创新、深造、就业喜忧参半
“星星之火，可以燎原”，机会是最灿烂的生命之火，如果能把握好它，就可以照亮人生的前路。在这方面，独立院所能提供给学生的机会可说是喜忧参半。
独立研究院所是以科研工作为核心的单位，各种科研项目是它们的组成细胞，研究人员基本上以申请和开展科研项目、争取科研经费和发表科研成果为主要工作，凭借实力，他们拥有不少行业内的顶尖科研项目和重点项目。有专家提出，高校和科研机构的研究项目应该有所侧重、优势互补。科研机构应该承担更多的大型项目的研究工作，而把一些中小型项目放到高校中进行，这样有利于资源的合理利用。因为在高校中，研究人员的流动性比较大，比较适合做这种中小型研究课题，而大型项目一般耗时较长，放在科院院所这种专门从事研究的院所比较合适。许多地方政府也正在积极撮合当地高校和科研院所的合作，共享高端人才资源和先进的科研设备资源。
作为以科研为主的单位，许多独立院所并没有专门的教育经费，培养研究生的很多费用是由项目课题组和导师来承担的。因此，学生也主要通过参与各种科研项目在实践中进行学习。在研究院所里，科研项目一般来说是充足的，学生的实践机会以及从中挖掘选题发表论文，甚至与项目组共同发表论文的机会也就相应多一些。有的研究所甚至在自己的招生网页上信心十足地说明：“研究所提供良好的学习条件，科研和生活环境优越，研究经费充足，论文选题丰富。”运作项目就如同运作公司一样，各种管理都要规范化，学生参与项目，就相当于开始了实习工作，虽然有收获经验和报酬等各种好处，但作为学生，也有点角色错位——每天朝八晚五，每周组会，有时还需要经常加班，基本上没有什么寒暑假的概念，生活比较简单枯燥。在工作氛围下，心态容易变得浮躁，作为研究生教育核心的创新能力的培养也流于繁重的技术工作压力之下，看书学习思考的时间和空间往往被挤占到最少，有悖于学生的本职。社会各界向来认为中国的学生缺少个性和创造力，这与培养他们的环境和机制密切相关，技术应用型的培养思维难以推出具有创新激情和突破能力的杰出人才。
虽然经费充足的项目遍地开花，到处都充满了机遇和挑战，但从另一个角度来看，由于一些研究院所和导师没有足够的经费进行自由的科学研究，导师一般跟着项目走，学生也只能跟着导师走，哪个项目有经费就做哪个，这样就很难获得系统的科研训练，而学生的科研素养往往还不够，缺乏高屋建瓴的判断能力，很容易对自己和未来进行错误的定位，影响日后的选择和发展。而且因为单位的项目充足，学生也就失去了自由寻找实践机会的时间。
独立院所是行业中的科研单位，研究人员和行业圈子的联系和交流是广泛而密切的，在这里学习，就相当于一伸手就可以触摸到本行业的第一线，这对于积累行业人脉资源、增加实践经验和就业机会都是大有帮助的。
有实力的独立院所一般都有相当数量的博士点和博士后流动站，如果有继续深造的打算，在研究院所里一口气读完也不难，还可以留下继续做博士后研究。独立院所在实施硕博连读制度、提前攻博制度上相比高校也更加灵活，它们通常会鼓励部分优秀的硕士生通过以上方式直接转为攻读博士学位。
研究院所都力图站在本行业科研领域的最前沿，它们与国外相关研究机构的学术交流和业务联系很紧密，许多导师也具有海外留学背景，这些条件可以为研究生提供许多参加国际会议和学术交流的机会，同时，还可以向学生提供或者帮助联系出国留学的机会。
至于毕业留校问题，在高校里，门槛已经相当高了，不过在一些独立院所，因为实力、牌子、生源、宣传以及单位本身的行业性质等各种原因，硕士生还是有可能留下来做科研的，甚至可以拿到千金难求的一线城市户口。
尽管其优势相当突出而且诱人，但独立院所在提供机会这个方面也有一些明显的缺陷。专业性很强的独立研究院所与外界的联系多是行业内的纵向联系，而交叉学科之间的横向联系并不多，其讲座也相当专业化，这种状况并十分有利于学生拓展学术视野。在这一点上，高校就有明显的优势。学生有很多机会参加不同学科的专业课程、学术活动，以及丰富多彩的讲座，这些活动对于科研人员拓宽眼界、活跃思维、增强人文底蕴和提高综合科研素质有着不可估量的潜移默化的影响。
近年来，国家推出了许多针对高校的鼓励海外留学政策，这些政策往往难以被独立院所的学生所共享。至于申请自费出国留学的学生，独立院所的牌子也不如相同档次的高校的牌子响亮，国外高校对中国的独立研究院所的了解不如对综合类名校的了解得多，学生在申请竞争中不太容易占据优势。
英语四六级考试现在已经限制在学校范围内报名，报考者必须是学生身份。独立院所不属于学校性质，它们的学生也就被划归为社会人员而无法报名。从目前情况看，英语四六级证书还是颇为招聘单位所看重的（而且这些证书是硬性条件），如果本科阶段没有考过六级，想在研究生阶段再加把劲的话，考研时就不要选择独立院所。在眼下严峻的就业形势里，尚未过六级的中科院博士生也在为自己投简历时处处受限而懊恼，这并非哗众取宠。
在就业方面，独立院所的非高校身份也常常给它们的学生带来一些意想不到的尴尬。独立院所的主要任务是科研，在学生就业问题上远不如高校重视，除了少数上门招聘的行业内单位以外，它们很少投入精力和经费到外界去宣传自己的毕业生，一般都是采取顺其自然的态度。它们的毕业生到社会上求职也就基本上只能靠自己摸爬滚打、跌跌撞撞了。
除此以外，独立院所的学生的课外交际活动要比高校学生少得多；在同一个单位里，同龄人的数量也不多；学科特点、专业集中甚至使得有些院所的学生性别比例严重失调，这些问题的存在，让想在研究生阶段解决感情和婚姻问题的学生机会渺茫。
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